1990. január 12-én a francia kormány tulajdonát képező Air France, a félig kormánytulajdonú Air Inter és a teljesen magántulajdonú UTA összeolvadt, és létrejött az új Air France.  Az összeolvadást a francia kormány kezdeményezte, mivel egy olyan egységesített nemzeti légitársaságot kívánt létrehozni, amely az EU légügyi liberalizációs lépései után is globális jelentőségű légitársaságként képés fennmaradni.

1994. július 25-én kormányhatározat útján megalakult a Group Air France, amely 1994. szeptember 1-jén kezdte meg működését azzal, hogy felvásárolta az Air France cégcsoport részesedéseit az Air France-ban és az Air Inter-ben (ez utóbbit később Air France Europe-ra nevezték át). 1994. augusztus 31-én Stephen Wolfot, a United Airlines korábbi vezérigazgatóját kinevezték tanácsadónak az Air France csoport vezérigazgatója, Christian Blanc mellé. Wolf vezette be a hub and spoke modellt, amely eredményeként az Air France fő csomópontja a Párizs-Charles de Gaulle repülőtér lett. Wolf 1996-ban lemondott tisztségéről, hogy a US Airways vezérigazgatója lehessen. 1997-ben az Air France Europe teljesen beolvadt az Air France-ba.

1999. február 19-én a francia kormány jóváhagyta az Air France részleges privatizálását. A cég részvényeit 1999. február 22-én vezették be a párizsi tőzsdére. 1999. júniusában az Air France és a Delta Air Lines létrehozott egy bilaterális transzatlanti szövetséget, amely 2000. június 22-én a SkyTeam néven globális légitársasági szövetséggé alakult.